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30-10-2018

Die Stiftung „Toulouse Cancer Santé“, das Inserm und das Pierre-Fabre-Forschungsinstitut haben den ersten Lehrstuhl für Bioinformatik in der Onkologie zur Erforschung der Immunokologie am Oncopole Toulouse eingerichtet

Die Stiftung „Toulouse Cancer Santé“ widmet sich der medizinischen Krebsforschung und ist seit dem 5. Mai 2006 vom französischen Staat als gemeinnützige Stiftung anerkannt.

Das Krebsforschungszentrum Toulouse (CRCT) ist eine gemeinsame Forschungseinheit des Inserm und der Universität Toulouse III-Paul Sabatier, bestehend aus 20 Teams, von denen 4 auch vom CNRS (französisches Nationales Zentrum für wissenschaftliche Forschung) akkreditiert sind.

Das Institut Universitaire du Cancer de Toulouse-Oncopole (IUCT-Oncopole) ist ein auf Krebserkrankungen spezialisiertes Krankenhaus mit über 300 Betten, welches das Universitätskrankenhaus Toulouse und das Institut Claudius Regaud (Krebszentrum) unter einem Dach vereint.

Als langjähriger Partner des Oncopole Toulouse haben die Laboratoires Pierre Fabre im Bereich Pharma die Onkologie zu ihrem Hauptfokus in der Forschung und Entwicklung gemacht.

 

Die Stiftung „Toulouse Cancer Santé“, das Inserm und das Pierre-Fabre-Forschungsinstitut, alle drei wichtige Akteure auf dem Toulouse Oncopole Campus, haben den ersten Lehrstuhl für Bioinformatik in der Onkologie zur Erforschung der Immuno-Onkologie eingerichtet. Zur Leiterin ernannten sie Vera Pancaldi, eine Physikerin und Systembiologin, die ihre Stelle am Inserm am 3. September 2018 im Krebsforschungszentrum Toulouse (CRCT) antrat. Über die jetzt gestartete Initiative hinaus soll die Gesamtstrategie des Inserm am CRCT, des Instituts Universitaire du Cancer de Toulouse-Oncopole (IUCT-Oncopole) und von Pierre Fabre die öffentlich-privaten Partnerschaften in der Onkologie stärken.

Ko-Konstruktion von Akademikern und Industrie

Die Einrichtung des Lehrstuhls für Bioinformatik in der Onkologie wird die Stiftung „Toulouse Cancer Santé“, das Inserm und das Pierre-Fabre-Forschungsinstitut (PFRI) für fünf Jahre in einem Prozess der akademischen und industriellen Zusammenarbeit in der Erforschung der Immuno-Onkologie und der translationalen Medizin am Toulouse Oncopole zusammenführen.

Entsprechend der Absichtserklärung und des Lehrstuhlvertrags werden das Pierre-Fabre-Forschungsinstitut und die Stiftung „Toulouse Cancer Santé“ jeweils 1 Million Euro über einen Zeitraum von fünf Jahren investieren (200.000 Euro pro Jahr). Der Lehrstuhl wird in die CRCT-Teams im Inserm-Gebäude am Oncopole integriert, welcher die technischen Plattformen bereitstellt und außerdem 335.000 € zu dem Projekt beiträgt.

Der Lehrstuhl untersteht einem aus drei Parteien bestehenden wissenschaftlichen Ausschuss, der mindestens einmal jährlich zusammentritt. Dem Ausschuss gehören Vertreter von drei Parteien an: jeweils zwei Vertreter des PFRI und des Inserm sowie zwei Mitglieder, die von der Stiftung „Toulouse Cancer Santé“ ernannt werden.

Know-how aus der Bioinformatik im Mittelpunkt der Zusammenarbeit

Der Lehrstuhl wird von Vera Pancaldi besetzt, einer international anerkannten Forscherin mit neuartigem Profil, die auf Bioinformatik und Systembiologie spezialisiert ist. Ihre aktuelle Forschung beschäftigt sich mit zellulärer Heterogenität und 3D-Genom-Architektur am Life Sciences Department der Computational Biology Group am Barcelona Supercomputing Center (BSC).

Ziel des Lehrstuhls ist es, einen führenden Vertreter des Bereichs Bioinformatik zur Verfügung zu haben, damit das CRCT sein Ziel erfüllen kann, ein Expertenzentrum für onkologisches Datenmanagement zu werden. Die erste Aufgabe von Vera Pancaldi wird daher darin bestehen, ein Team aus fünf Bioinformatikern (Master- und Doktorandenniveau) aufzubauen, um einen Talentpool in dieser schnell wachsenden Disziplin zu schaffen.

Ein weiterer positiver Aspekt ist, dass sie eine zentrale Position für die Dynamik der Partnerschaft einnehmen wird, da sie als Schnittstelle zwischen CRCT, IUCT-Oncopole und PFRI fungieren wird. Vera Pancaldi wird auch Zugang zu den technischen Plattformen des CRCT haben, insbesondere zu den für ihre Forschung notwendigen bioinformatischen Einrichtungen sowie zu den Patientendaten, die von den Ärzten des Krankenhauses erhoben werden. Sie wird auch direkt mit den Bioinformatikern von Pierre Fabre zusammenarbeiten.

Mit dem sehr konkreten Ansatz dieses Lehrstuhls soll das Tempo der Entwicklung neuer Medikamente mit dem Ziel einer personalisierten Medizin beschleunigt werden. Das CRCT und der IUCT-Oncopole legen daher den Schwerpunkt auf zwei Bereiche der Zusammenarbeit: Datenerhebung und -analyse, um die Wahl der Therapie zu erleichtern und Datenstrings für interne Projekte zu bilden, und Identifizierung neuer Gene, die zukünftige Biomarker oder therapeutische Ziele sein werden.

Ein Pluspunkt für die Dynamik der Partnerschaft

Darüber hinaus wird sich die Lehrstuhlinhaberin aktiv an wissenschaftlichen Initiativen, Veröffentlichungen und der Förderung des CRCT beteiligen und dazu beitragen, den Campus Toulouse auf ein Niveau der Weltklasse-Exzellenz anzuheben, um Talente aus der ganzen Welt anzuziehen.

In ihrer Funktion als Lehrstuhlinhaberin wird Vera Pancaldi einen doppelten Beitrag leisten.

Zum einen wird sie weiterhin mit dem Life Sciences Department am Barcelona Supercomputing Center (BSC) zusammenarbeiten, das sich auf „Mare Nostrum“ stützt, einen der leistungsfähigsten Supercomputer Europas. Der Big Data-Ansatz ist eine der Kernkompetenzen des BSC. Die Herausforderung der Zukunft besteht darin, neue Ansätze für Deep Learning und Künstliche Intelligenz mit den Informatikern und Mathematikern am Standort Toulouse zu nutzen.

Zum anderen wird sie der Netzwerkdynamik am Standort Toulouse neue Impulse verleihen. Denn von nun an wird Vera Pancaldi von Toulouse aus die Innovationsdynamik des Cambridge Networks Network vorantreiben, das sie im September 2011 mitbegründet hat und das heute eine 400 Personen starke Gemeinschaft zusammenbringt, die sich für das Studium von Netzwerken interessiert.

Diese Stärken werden dazu beitragen, ein ganzes Ökosystem und einen Talentpool rund um den Lehrstuhl auf dem Toulouse Oncopole Campus zu entwickeln. In dieser Hinsicht ist die Ankunft von Vera Pancaldi nur ein erster Schritt in der Zusammenarbeit zwischen Pierre Fabre und den akademischen und privaten Strukturen des Oncopole. Das zukünftige Ziel besteht darin, industrielle Partnerschaften im Geiste einer offenen Innovation zu beschleunigen.

„Big Data Mining in einer öffentlich-privaten Partnerschaft“

Alexandre Passioukov, Leiter Translationale Medizin, Pierre Fabre F&E

„Big Data Mining ist zu einer wichtigen Innovationsquelle für den biomedizinischen Sektor geworden. Das gilt sowohl für die akademische Welt als auch für die Pharmaindustrie. Das von der Bioinformatik-Expertin Vera Pancaldi vorgeschlagene ehrgeizige Projekt weist klare Synergien mit unserer Forschungs- und Entwicklungsarbeit in der Onkologie auf. Die Identifizierung von Ansprechmarkern und die Entdeckung neuer therapeutischer Ziele erfordert in der Tat immer die Analyse riesiger Mengen von „Omics“-Daten hinsichtlich der Resistenz gegen bestehende Therapien. Wir freuen uns daher über den Start dieses auf fünf Jahre angelegten Projekts mit dem CRCT und der Stiftung „Toulouse Cancer Santé“, an das weitere gemeinsame Initiativen im Rahmen der strategischen Allianzen von Pierre Fabre am Oncopole Toulouse anschließen werden.“

„Technische Expertise zu Big Data Mining führen“

Gilles Favre, Wissenschaftlicher Leiter und Leiter des Labors für medizinische Biologie der Onkologie am Institut Universitaire du Cancer de Toulouse Oncopole (IUCT-Oncopole), Leiter des Cancéropôle Grand Sud-Ouest (Krebsforschungscluster in Südwestfrankreich), Leiter des Krebsforschungszentrums Toulouse (CRCT) (gemeinsame Forschungseinheit Inserm/Universität Toulouse III Paul Sabatier und das an das CNRS angeschlossene Forschungsteam).

„Mit dem Boom in der Anwendung der Genomik Big Data in der Onkologie bringt Vera Pancaldi neue Techniken für die Big-Data-Analyse in den CRCT mit. Wir haben 22.000 Gene und sind in der Lage, sie vollständig zu sequenzieren. Wir können auch ihre Expression kennen. Das sind mehrere zehntausend Informationen, die von unseren Plattformen übertragen werden und enorme Datenmengen erzeugen. In ihrer Forschung wird Vera Pancaldi die Analysen des CRCT zum Einzelzell-Genom und zur Einzelzell-Transkriptomik nutzen können. Wir stellen ihr unser Wet Lab für die Sammlung und Analyse von Zellen und zur molekularbiologischen Analyse zur Verfügung, sowie unser Dry Lab für die Speicherung und Verwaltung von Daten auf Computern. Im Rahmen ihrer Forschung wird sie mit Informatikern und Mathematikern am Standort Toulouse zusammenarbeiten, um den Aufbau von Lernalgorithmen (Deep Learning, KI) weitervoranzutreiben.“

„Sichtbarkeit und Offenheit gegenüber der Geschäftswelt verbessern“

François Amalric, Geschäftsführender Direktor der Stiftung „Toulouse Cancer Santé“.

 „Für die Stiftung Toulouse Cancer Santé ist die Einrichtung dieses Lehrstuhls bereits ein Erfolg, mit der Ankunft eines international anerkannten Datenexperten, der diesen Standort in ein Kompetenzzentrum umwandeln will. Die Herausforderung besteht darin, Fachwissen in der Bioinformatik zu entwickeln, um neue Partnerschaften mit Industrieunternehmen einzugehen. Der Lehrstuhl wird zu einer besseren Sichtbarkeit unserer Forschungsprojekte und zu einer Öffnung zur Wirtschaft führen.“ 

„Mein Forschungsschwerpunkt wird die Tumorheterogenität sein“

Vera Pancaldi, Lehrstuhlinhaberin, Bioinformatik in der Onkologie

Neben ihrer führenden Expertise in der Bioinformatik beeindruckte Vera Pancaldi durch ihr sehr internationales Profil und ihre Anpassungsfähigkeit an die aktuellen Herausforderungen in der immuno-onkologischen Forschung. Nach ihrer Promotion in Physik komplexer Systeme begann sie ihre Arbeit an der funktionellen Genomik der Spalthefe im Labor von Prof. Bähler am Wellcome Trust Sanger Institute und anschließend am University College London in England. „Für mich gab es kein komplexeres System als den lebenden Organismus“, erklärt sie. Sie arbeitete weiterhin als Postdoc in der Pflanzen-Epigenetik im Team von Prof. Baulcombe an der University of Cambridge. Vor sechs Jahren beschloss sie, ein neues Abenteuer in der Krebsforschung zu beginnen, um sich der Herausforderung der personalisierten Medizin zu stellen. Sie erhielt ein FEBS-Stipendium für die Structural Biology and Biocomputing Group am CNIO (Nationales Krebsforschungszentrum) in Madrid, Spanien. „Ich habe Forschungen zur mathematischen Modellierung des Tumorwachstums auf der Grundlage molekularer Daten durchgeführt“, erzählt sie. „Ich begann auch, an BLUEPRINT teilzunehmen, dem europäischen Epigenom-Forschungsprojekt, das darauf abzielt, das Epigenom verschiedener Blutzellen bei gesunden Probanden zu charakterisieren.“ Diese Erfahrung veranlasste sie im vergangenen Jahr, ihre derzeitige Position als Forscherin bei der Computational Biology Group im Life Sciences Department des Barcelona Supercomputing Center (BSC) anzunehmen, wo sie Forschungen zur zellulären Heterogenität und 3D-Genomarchitektur durchführt. Sie wird weiterhin mit dem BSC zusammenarbeiten und am Bioinfo4Women-Programm teilnehmen. Ihre bisherigen Forschungen zu komplexen Systemen und zur Epigenetik wurden von ihren Kollegen immer wieder anerkannt und gelobt.

Am 3. September 2018 übernahm Vera Pancaldi den renommierten Lehrstuhl für Bioinformatik in der Onkologie, der von der Stiftung Toulouse Cancer, dem Inserm und dem PFRI eingerichtet wurde. „Ich werde mich auf die Erforschung der Tumorheterogenität konzentrieren, indem ich die Tumorentwicklung in ihrer Mikroumgebung simuliere“, erklärt sie. „Die Herausforderung besteht auch darin, zu verstehen, wie das Immunsystem mit dem Tumor interagiert.“ In diesem Bereich wird Vera Pancaldi mit Pierre Cordelier, Forschungsleiter am Inserm und Teamleiter am CRCT, zusammenarbeiten, der bereits an bahnbrechenden Forschungsarbeiten zur Charakterisierung von Pankreas-Tumoren auf Einzelzellebene arbeitet, insbesondere an der Mobilisierung einer Immunantwort auf diese Tumore, die aufgrund ihrer hohen Resistenz gegen aktuelle Behandlungsmethoden nach wie vor ein ernsthaftes Problem der öffentlichen Gesundheit darstellen. „Mit der Spitzentechnologie am CRCT sind wir in der Lage, die verschiedenen Phänomene zu untersuchen, indem wir den Tumor auf Einzelzellenebene betrachten“, fährt sie fort.

„Diese neue Stelle wird es mir außerdem ermöglichen, weitere Kooperationen mit CRCT-Mitgliedern zu fördern und das öffentlich-private Kooperationsnetzwerk des Zentrums im Bereich der zielgerichteten Therapien extern auszubauen.“.